稻瘟病菌含信号肽小蛋白的计算机分析

• 作者: 业艳芬 刘林 朱有勇 李成云 李进斌 杨静 王云月 苏源
• 来源期刊: 生物技术通报
• 学科: 农学
• 关键词: 稻瘟病菌 小蛋白 信号肽 分泌
• 年，卷（期）: 2006,（z1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 276-282
• 页数: 7页
• 分类号: S4
• 字数: 4684字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-5464.2006.z1.061

摘要

结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件SignalP v3.0、TargetP v1.1、Big-PI predictor 、TMHMM v2.0和SecretomeP对已公布的1486个稻瘟菌(magnaporthe grisea)小蛋白基因的N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构.分析结果表明,在1 486个稻瘟病菌小蛋白中,119个具有N-端信号肽的典型分泌蛋白.其中116个具有分泌型信号肽,1个具RR-motif型信号肽,2个具信号肽酶Ⅱ型信号肽.在稻瘟病菌基因组中,分泌型小蛋白的序列是高度趋异的,仅出现少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别用BLAST 2 SEQUENCES对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列对比.结果表明,具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高.同时还采用Subloc v1.0对1 486个小蛋白的亚细胞位置进行了预测,结果显示小蛋白的可能功能场所包括细胞质、细胞外、线立体和细胞核,功能场所位于细胞核的小蛋白是最多的.