基于曙光4000A的BLAST并行算法

• 作者: 冯圣中 周幼英 孙凝晖 徐琳 谭光明
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: BLAST 批处理 并行 集群 曙光4000A
• 年，卷（期）: 2006,（10）
• 所属期刊栏目: 软件技术与数据库
• 页码范围: 45-46,49
• 页数: 3页
• 分类号: TP311
• 字数: 3130字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2006.10.016

摘要

对BLAST启发式算法的实现做了优化:引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表,实现了I/O延迟掩藏,提高了整个比对过程的速度,同时降低了内存消耗.优化的算法有利于并行化的实现:在并行系统中,将库文件广播到各个计算节点,由节点在局部分别建立哈希表.然后将查询文件分割发送到各个计算节点并行比对,计算结果可以在节点直接输出,不需要主结点收集,减少了通信开销.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙凝晖	中国科学院计算技术研究所	69	478	12.0	19.0
2	徐琳	中国科学院计算技术研究所	21	312	9.0	17.0
6	冯圣中	中国科学院计算技术研究所	21	116	5.0	10.0
7	谭光明	中国科学院计算技术研究所	16	34	4.0	5.0
11	周幼英		5	55	4.0	5.0