RiceDB: 基于Web界面的水稻基因芯片注释整合数据库

• 作者: 何飞 吴平 施清芸 陈铭
• 来源期刊: 中国水稻科学
• 学科: 农学
• 关键词: 芯片注释 水稻 分子数据库
• 年，卷（期）: 2007,（3）
• 页码范围: 235-241
• 页数: 7页
• 分类号: Q75|Q943|S511.01
• 字数: 5400字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1001-7216.2007.03.003

摘要

开发了1个基于Web界面在生物学背景下注释水稻基因芯片的整合数据库RiceDB,它的注释信息比同类针对水稻Affymetrix 57K全基因组表达谱芯片的注释数据库更全面、更快捷且可以自动更新.它由8个功能模块组成,RiceMap建立水稻Affymetrix 57K探针组与基因的对应关系,从而提供来自各个水稻生物信息学数据库功能描述信息;RiceGO整合Gene Ontology数据库从生物学途径/分子功能和细胞构建对Affymetrix 57K探针组进行注释;RiceKO确定Affymetrix 57K探针组代表的基因可能参与的代谢与调控路径;RiceUP、RiceDO、RiceMR、RiceCD、RiceGF分别确定Affymetrix 57K探针组代表的基因上游小于1 kb启动子序列、结构功能域组成、受哪些水稻MicroRNA调控、染色体定位、基因家族分类.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何飞		1	2	1.0	1.0
2	施清芸		1	2	1.0	1.0
3	陈铭		1	2	1.0	1.0
4	吴平		1	2	1.0	1.0