基因芯片技术分析siRNA抑制多效生长因子表达后Pten-/- MEF241细胞基因表达谱的变化

• 作者: SONG Bo-Qiang 吴德昌 周乔丹 宋博强 张博 李刚 杨柳 胡迎春 霍艳英
• 来源期刊: 军事医学科学院院刊
• 学科: 生物学
• 关键词: 寡核苷酸序列分析 基因表达 基质金属蛋白酶 逆转录聚合酶链反应
• 年，卷（期）: 2007,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 405-410
• 页数: 6页
• 分类号: Q786
• 字数: 3622字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-9960.2007.05.002

摘要

目的:应用基因芯片技术,分析siRNA抑制Pleiotrophin基因表达后,Pten-/- MEF241细胞基因表达谱的变化.方法:选用Agilent公司的小鼠oligo芯片,分别提取siRNA抑制Pleiotrophin基因表达前后Pten-/-MEF241细胞的RNA,反转成cDNA,进一步荧光标记后进行芯片杂交,杂交结果经扫描及软件分析,最后Ration值为cy3/cy5(即实验组/对照组).差异基因筛选标准为正标Ratio(Cy3/Cy5)≥2同时反标Ratio(Cy3/Cy5)≤0.5.部分上调及下调基因的表达水平用RT-PCR及Northern杂交进行了验证.结果:siRNA介导Pleiotrophin基因沉默后,表达上调2倍以上的基因有240个,下调0.5倍以上的基因有129个.其中,上调10倍以上的基因有与DDK综合征相关的Schlafen家族成员Slfn2、3、4,基质蛋白金属酶Mmp3、10、13,白介素IL-1a、IL-f6等;下调5倍以上的基因有钙结合蛋白S100a8、视黄醇结合蛋白Rbp4、二肽酶Dpep1等.RT-PCR及Northern杂交验证结果与芯片结果吻合.结论:应用基因表达谱芯片成功分析了RNAi抑制Pleiotrophin基因表达后Pten-/- MEF241细胞基因表达谱的变化,挑选并鉴定出一批有意义的基因,为后续的深入研究提供了基础.