基于SARS RNA序列可视化方法的进一步分析与研究

• 作者: 刘国平 徐志节 杨杰 王猛 黄振德
• 来源期刊: 生物医学工程学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 元胞自动机 SARS 可视化 主成分分析 支持向量机
• 年，卷（期）: 2007,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 26-31
• 页数: 6页
• 分类号: R3
• 字数: 5689字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1001-5515.2007.01.007

摘要

我们提出了一种新的基因可视化分析方法.该可视化方法基于元胞自动机(CA)原理,将RNA序列的一维信息转化为二维可视图谱;在将此方法应用到SARS RNA序列的分析中, 可以发现SARS-CoV 病毒不同于其他非SARS的冠状病毒的RNA序列可视特征;在此基础上,对得到的RNA特征序列进行片断提取,用片断可视化取代全序列可视化,并用主成分分析(PCA),支持向量机(SVM)等算法对RNA片断进行分析.结果证明,SARS-CoV的该类特征具有很好的模式可分性,与模式分析方法的结合则可以作为可视化的佐证,可以更充分地利用特征片断作为判别SARS-CoV的一种非常规的手段.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨杰	上海交通大学图像处理与模式识别研究所	340	5370	35.0	58.0
2	王猛	上海交通大学图像处理与模式识别研究所	14	165	8.0	12.0
3	徐志节	上海交通大学图像处理与模式识别研究所	4	54	2.0	4.0
4	黄振德	上海交通大学生命科学院	3	5	1.0	2.0
5	刘国平	上海交通大学图像处理与模式识别研究所	5	12	2.0	3.0