新型聚酮合酶基因簇的分离与部分鉴定

• 作者: 任娜 宗英 张兴群 焦炳华 焦豫良 王梁华 董晓毅 郭爱芸 高云
• 来源期刊: 中国抗生素杂志
• 关键词: 海洋沉积物 聚酮合酶 酮缩酶 基因簇 组合生物合成
• 年，卷（期）: 2008,（3）
• 所属期刊栏目: 微生物药物筛选
• 页码范围: 134-139
• 页数: 6页
• 分类号: Q78
• 语种: 中文

摘要

目的 从海洋沉积物中分离新型聚酮合酶(PKS)基因簇,并解析其基因结构,为研究PKS的组合生物合成提供新组件.方法 采集中国东海沉积物样本,并提取宏基因组DNA,以其为模板,通过简并PCR扩增新型PKS片段,用地高辛标记正确的扩增片段作为探针,然后从本研究中构建的海洋沉积物样本Fosmid宏基因组文库中筛选完整基因簇,测序、结构分析.结果 (1)所分离得到的海洋沉积物宏基因组DNA可直接作为PCR模板,简并PCR扩增得到26个新型KS编码片段,并成功提交GenBank;(2)所得DNA构建成滴度约5×108cfu/ml的Fosmid文库,插入片段平均长度约为40kb;(3)将其中的一个KS片段(GenBank登录号DQ942531)用地高辛标记并筛选部分文库,得到4个克隆,测序得到7981bp的序列(GenBank登录号EF568935),结构分析发现含典型的I型PKS组件,如酮缩酶(KS)、酰基转移酶(AT)、酰基载体蛋白(ACP)等.结论 简并引物扩增、宏基因组文库筛选、测序、结构分析,在本研究中被证明是有效的分离新PKS基因簇的途径;通过系统进化树分析得出26条新KS片段属于I型KS片断和杂合PKS/NRPS基因簇,主要来自放线菌门、δ变形菌门、蓝藻门和β变形菌门的微生物.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	焦炳华	第二军医大学基础医学部	215	1714	20.0	33.0
2	王梁华	第二军医大学基础医学部	77	303	9.0	12.0
3	高云	第二军医大学基础医学部	28	87	6.0	7.0
4	宗英	第二军医大学基础医学部	25	29	3.0	4.0
5	张兴群	第二军医大学基础医学部	5	20	3.0	4.0
6	焦豫良	第二军医大学基础医学部	3	13	2.0	3.0
7	董晓毅	第二军医大学基础医学部	6	13	2.0	3.0
8	任娜	第二军医大学基础医学部	4	13	2.0	3.0
9	郭爱芸	第二军医大学基础医学部	2	8	1.0	2.0