cDNA芯片重复探针检测值的一致性分析

• 作者: 于梁梁 吕莹丽 李霞 杨强 王晨光 王栋 肖会 郭政
• 来源期刊: 高技术通讯
• 学科: 工学
• 关键词: cDNA基因芯片 差异表达基因 相关系数 探针
• 年，卷（期）: 2009,（1）
• 所属期刊栏目: 资源环境与生物技术
• 页码范围: 95-98
• 页数: 4页
• 分类号: TP3
• 字数: 3793字
• 语种: 中文

摘要

通过SOURCE数据库对4套cDNA数据的探针进行了注释,分析了对应同一条Unigene的多个探针的检测值(即重复检测值)之间的相关性.采用两种常规方法处理了重复检测值,比较了这两种处理方法对筛选差异表达基因的影响.结果显示:Unigene的重复检测值之间存在一定比例的负相关;更新探针注释数据后的重复检测值之间的低相关比例减少,高相关比例显著提高;重复点样探针之间的相关性高于其它重复检测值,但是仍有很多低相关;两种处理重复检测值方法对于用基因表达差异显著性分析方法(SAM)与T检验方法筛选差异表达基因影响不大.