猪伪狂犬病病毒gD基因的生物信息学分析

• 作者: 张博 徐志文 朱玲 许雁峰 郭万柱
• 来源期刊: 中国兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 伪狂犬病病毒 gD基因 PCR 序列分析 生物信息学
• 年，卷（期）: 2009,（11）
• 所属期刊栏目: 预防兽医学
• 页码范围: 1382-1389,1394
• 分类号: S852.65
• 语种: 中文

摘要

自测12条PRV不同毒株的gD全序列连同GeneBank中登录的9条gD基因全序列共21条基因序列,使用生物软件对它们的基因序列的同源性、突变区域的定位、遗传进化关系、酶切位点的差异、密码子偏爱性,氨基酸序列的同源性、蛋白质亲水性、抗原表位分析、三级结构预测等生物信息学的内容进行预测和分析.结果表明:PRV-gD基因的开放阅读框的核苷酸长度在1 197～1 215 nt之间,氨基酸长度在399～405个之间,核酸同源性在97.3%～100%之间,氨基酸的同源性在89.8%～98.8%之间,在核酸820～837位有个高变重复区,不同毒株基因均对GC极为偏爱.在遗传进化关系上将我国PRV流行分为四川、华北、东南3个区域.毒株间基因内酶切位点、蛋白质亲水性、抗原表位和蛋白质高级结构预测等内容的分析结果十分相似,说明PRV-gD基因具有很高的保守性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱玲	四川农业大学动物生物技术中心	151	499	13.0	17.0
2	郭万柱	四川农业大学动物生物技术中心	166	1465	21.0	28.0
3	徐志文	四川农业大学动物生物技术中心	184	909	15.0	20.0
4	许雁峰	四川农业大学动物生物技术中心	5	44	3.0	5.0
5	张博	四川农业大学动物生物技术中心	10	18	3.0	3.0