癌症诊断芯片的癌-睾丸基因的寡核苷酸探针的设计

• 作者: Sophie Rousseaux 丁洪 刘丹 刘丽 吴芳 陆群
• 来源期刊: 四川大学学报（医学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 癌-睾丸基因 寡核苷酸探针 探针设计 微阵列
• 年，卷（期）: 2009,（2）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 330-333,336
• 页数: 5页
• 分类号: Q78
• 字数: 3395字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-173X.2009.02.035

摘要

目的 设计用于专门进行肿瘤内睾丸特定基因--癌-睾丸(cancer-testis, CT)基因转录分析的微阵列的探针系列,以阐明CT基因在肿瘤发生过程中的作用并检测它们在肿瘤细胞或肿瘤样本中的表达.方法 通过二个探针设计工具,IDT和MEDIANTE的结合使用,设计出CT基因的寡核苷酸探针.同时,应用"Oligonucleotide Properties Calculator寡核苷酸性质计算软件"和"OligoAnalyzer 3.0"检测探针的解链温度(Tm)、GC含量和可能形成的次级结构等特性.结果 为CT基因家族的44个成员成功设计了113个50 mers 左右的寡核苷酸探针.其Tm值分布在63.2 ℃～67.5 ℃之间, GC百分含量为35.3%～51.5%. 结论 结合IDT和MEDIANTE两个探针设计软件,能有效的进行CT基因寡核苷酸探针的设计.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘丹	西南交通大学生物工程学院	226	2105	21.0	29.0
2	陆群	西南交通大学生物工程学院	46	154	7.0	10.0
3	刘丽	西南交通大学生物工程学院	21	134	7.0	11.0
4	吴芳	西南交通大学生物工程学院	5	26	2.0	5.0
5	丁洪	四川大学华西药学院	4	17	2.0	4.0