下一代测序cDNA样品制备及优化技术探讨DD

• 作者: 崔永一 张岚岚 徐凯 李南羿 秦巧平
• 来源期刊: 遗传
• 学科: 生物学
• 关键词: cDNA 下一代测序 堇菜
• 年，卷（期）: 2010,（9）
• 页码范围: 974-977
• 分类号: Q3
• 字数: 3498字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2010.00974

摘要

下一代测序技术目前已经应用于微生物、人类、动物、植物等的基因组分析.样品制备是开展大规模测序的必要前提和测序成功的根本保证.对大规模测序造成干扰的主要因素有: polyA干扰测序信号及高丰度基因对低丰度基因的掩盖等.文章以堇菜(Viola verecumda A.Gray)叶片为试材, 提取总RNA, 合成双链cDNA, 利用DSN核酸酶对双链cDNA进行均一化处理, 并对双链cDNA polyA进行了切除, 将处理后的cDNA进行了TA克隆, 挑取100个克隆随机测序.结果表明, 未处理的cDNA样本测序有15个克隆由于polyA的存在而影响了附近碱基的正确阅读, 独立克隆只有62个, 而处理后的cDNA样本经测序未发现polyA, 独立克隆有94个.序列分析发现, 经过处理的cDNA样本随机测序有两个克隆是经MALDI-TOF检测在样本中有蛋白质峰, 而基因克隆一直没有分离到的序列.以处理后的cDNA样本为模板扩增2个已知表达丰度差异较大的基因显示, 处理后这2个基因的PCR扩增产量差异明显减小.这些结果表明polyA切除、DSN核酸酶处理的cDNA样本完全满足大规模测序、寻找新基因的要求.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐凯	浙江农林大学农业与食品科学学院	17	62	4.0	7.0
2	秦巧平	浙江农林大学农业与食品科学学院	15	66	4.0	7.0
3	张岚岚	浙江农林大学农业与食品科学学院	5	15	2.0	3.0
4	李南羿	浙江农林大学农业与食品科学学院	4	19	1.0	4.0
5	崔永一	浙江农林大学农业与食品科学学院	19	60	5.0	7.0