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摘要:
针对生物化学计算中采用量子化学理论计算蛋白质分子场所带来的巨大计算量的问题,搭建起一个GPU集群系统,用来加速计算基于量子化学的蛋白质分子场.该系统采用消息传递并行编程环境(MPI)连接集群各结点,以开放多线程OpenMP编程标准作为多核CPU编程环境,以CUDA语言作为GPU编程环境,提出并实现了集群系统结点中GPU和多核CPU协同计算的并行加速架构优化设计.在保持较高计算精度的前提下,结合MPI,OpenMP和CUDA混合编程模式,大大提高了系统的计算性能,并对不同体系和规模的蛋白质分子场模拟进行了计算分析.与相应的CPU集群、GPU单机和CPU单机计算方法对比,该GPU集群大幅度地提高了高分辨率复杂蛋白质分子场模拟的计算效率,比CPU集群的平均计算加速比提高了7.5倍.
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文献信息
篇名 应用GPU集群加速计算蛋白质分子场
来源期刊 计算机辅助设计与图形学学报 学科 工学
关键词 GPU集群 蛋白质分子场模拟 并行加速架构设计
年,卷(期) 2010,(3) 所属期刊栏目 基于GPU的图形处理及其通用计算
研究方向 页码范围 412-419
页数 8页 分类号 TP391
字数 6211字 语种 中文
DOI
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 吴韬 浙江大学理学院化学系 16 108 6.0 10.0
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蛋白质分子场模拟
并行加速架构设计
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期刊影响力
计算机辅助设计与图形学学报
月刊
1003-9775
11-2925/TP
大16开
北京2704信箱
82-456
1989
chi
出版文献量(篇)
6095
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15
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94943
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