对柚单染色体LA-PCR-AFLP技术体系中外源DNA污染问题中不同试验用水、加接头连接前后步骤对水污染的敏感度以及LA-PCR形成的非特异性亮带现象进行对比研究.结果表明:8种试验用水中BT水(Bioteke,RNase-free and DNase-free Water)的防控效果最佳;水的质量对LA-PCR过程中接头连接之前的步骤影响最大,对加接头之后的步骤也有一定的影响:非特异性亮带为引物自连形成的多聚体,与外源污染无关.本试验通过对外源污染的来源和关键步骤实施严格防控,经过dot blot验证,使外源污染能够得到有效控制.这为建立高质量的柚单染色体文库奠定了基础.