曼氏血吸虫己糖激酶(SmHK)蛋白质结构与功能的生物信息学预测

• 作者: 吕刚 李静晶 芦亚君 范志刚 赵世勇
• 来源期刊: 热带医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 血吸虫 己糖激酶 蛋白质 结构 功能 生物信息学
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 所属期刊栏目: 实验研究论著
• 页码范围: 30-33,封4
• 页数: 5页
• 分类号: R383.24
• 语种: 中文

摘要

目的 应用生物信息学技术预测曼氏血吸虫己糖激酶(SmHK)的结构和功能,为进一步功能研究提供信息.方法 从GenBank获取SmHK及其他物种HK全长cDNA序列及氨基酸序列,应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站及VectorNTI软件包,对所获氨基酸序列的保守功能域及基序、蛋白质理化参数、亚细胞定位、亲水性、B细胞线性表位、二级结构及拓扑结构、三级结构建模分析及预测.结果 SmHK编码451氨基酸残基,理论分子量为50 446.01 Da,具有完整HK-1及HK-2保守功能域.与结构和功能有关的位点高度保守,与宿主(人、鼠)的同源性为30%,与人等脊椎动物有较近的进化关系;有多个潜在的抗原表位、多个磷酸化位点及1个跨膜结构.三级结构分子建模显示该蛋白两基团间有一裂隙,葡萄糖、ATP结合位点及ATP催化区位于该裂隙中或周围,跨膜区与其两端的碱性氨基酸形成一阴离子通道.结论 SmHK与结构和功能相关的位点高度保守,与宿主有较近的进化关系,推测该蛋白可能通过跨膜区锚定在线粒体外膜上,主要功能位点位于蛋白裂隙中或周围,多个磷酸化位点说明其参与多种细胞功能的调节,在调节能量代谢中起重要作用,是潜在的疫苗候选分子和药物作用靶标.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕刚	海南医学院寄生虫学教研室	54	174	6.0	10.0
2	范志刚	海南医学院寄生虫学教研室	33	77	5.0	7.0
3	芦亚君	海南医学院寄生虫学教研室	20	63	4.0	7.0
4	李静晶	海南医学院寄生虫学教研室	2	3	1.0	1.0
5	赵世勇	海南医学院寄生虫学教研室	2	3	1.0	1.0