鸭肝脏基础型脂肪酸结合蛋白Lb-FABP基因的克隆、组织表达谱和序列特征分析

• 作者: 张爱玲 张豪 李加琪 杨承忠 王翀 钟万福
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 鸭 Lb-FABP基因 克隆 组织表达谱 蛋白结构预测
• 年，卷（期）: 2010,（20）
• 页码范围: 4278-4285
• 分类号: S8
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2010.20.020

摘要

[目的]克隆仙湖肉鸭肝脏基础型脂肪酸结合蛋白Lb-FABP基因的cDNA,并进行组织表达谱和蛋白结构分析,为肉鸭的分子育种提供基础资料.[方法]通过比较基因组学,采用RT-PCR和RACE技术,获得了Lb-FABP基因的cDNA序列全长序列;并采用半定量PCR分析了Lb-FABP基因在16个组织的表达;通过生物信息学方法预测了Lb-FABP基因的蛋白结构.[结果]仙湖肉鸭Lb-FABP基因的cDNA全长548bp,包括97bp长的5'非翻译区(5'UTR)和70 bp长的3'非翻译区(3'UTR)以及381 bp开放阅读框(ORF,含终止密码子).Lb-FABP基因组序列包括4个外显子和3个内含子,3个内含子分别长为991 bp、292 bp和713 bp.在所检测的16个组织中Lb-FABP基因mRNA 均有表达,尤其在肝脏组织中的表达明显高于其它组织.Lb-FABP理化性质表明该蛋白为一偏碱性蛋白,无明显的信号肽和跨膜区域;蛋白二级结构主要由β折叠和少量的α螺旋、loop环构成,预测发现在第5-22氨基酸残基处存在一个细胞溶质脂肪酸结合蛋白活性功能区;其三维结构由反向平行的10条β链及2条短α链组成的有一开口的"蛋白桶"构成.Lb-FABP基因氨基酸序列与鸡的该基因氨基酸的相似性为97.0%,与其它非哺乳脊椎动物的同源性达80%以上,比对尚未发现哺乳动物存在该基因.[结论]成功克隆肉鸭Lb-FABP基因cDNA序列以及基因组序列,该基因在肝脏组织的表达高于其它组织,并获知在5-22氨基酸处存在其蛋白活性功能区.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨承忠	佛山科技学院生命科学学院	2	9	2.0	2.0