人巨细胞病毒临床株US3基因HLA-A*0201限制性CTL表位预测

• 作者: 卢佳 彭巧英 胡洪波 黄汉菊
• 来源期刊: 实用预防医学
• 学科: 医学
• 关键词: 人巨细胞病毒 US3基因 CTL表位
• 年，卷（期）: 2010,（12）
• 页码范围: 2374-2376
• 分类号: R373.9
• 字数: 2133字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-3110.2010.12.011

摘要

目的 分析晚期黄疸新生儿人巨细胞病毒(HCMV)感染患儿临床株US3基因序列,预测HCMV US3基因HLA-A0201限制性CTL表位.方法 应用巢式PCR法检测20例HCMV感染新生儿标本US3基因,结果进行双向DNA测序.SYFPEITHI和NetCTL方案预测HCMV临床株US3基因HIA-A0201限制性CTL表位.结果 ①以Towne作为参考株,序列比对分析显示,20株临床分离株US3的ORF长度均与参考株相同,为561 bp,编码186个氨基酸蛋白.US3氨基酸序列高度保守,仅几个位点在少数分离株中存在变异,变异主要集中在序列的N端,大部分是同义突变.②通过预测获得5个HCMV US3基因HLA-A0201限制性CTL表位:KFEKHFVSV、RMI)YSSQTI、RM-DYSSHTI、SIRDDNWGL和SMRDDNWGL.不同临床株US3基因HLA-A0201限制性CTL表位存在差异.结论 初步筛选出人巨细胞病毒临床株US3基因HLA-A0201限制性CTL表位,为进一步研究HCMV感染的免疫机制提供实验依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	彭巧英	湖北省妇幼保健院检验科	20	53	4.0	6.0
2	黄汉菊	华中科技大学同济医学院病原生物系	46	170	7.0	11.0
3	胡洪波	湖北省妇幼保健院检验科	25	64	5.0	7.0
4	卢佳	华中科技大学同济医学院病原生物系	3	2	1.0	1.0