紫花苜蓿肽基脯氨酰顺反异构酶基因全长cDNA的电子克隆及同源建模

• 作者: 王海波
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 紫花苜蓿 肽基脯氨酰顺反异构酶(PPI) 电子克隆 聚类分析
• 年，卷（期）: 2010,（8）
• 所属期刊栏目: 农业生物技术
• 页码范围: 3925-3927
• 页数: 3页
• 分类号: Q78
• 字数: 1817字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0517-6611.2010.08.029

摘要

[目的]研究对紫花苜蓿肽基脯氨酰顺反异构酶基因全长cDNA进行电子克隆及同源建模的方法.[方法]根据物种间同源基因相对保守的特点,利用NCBI数据库,对公共EST数据库进行同源检索筛选和重叠群装配,获得拼接cDNA序列,经过ORF Finder分析后获得相应蛋白质的全长序列,并利用Swiss-Mode服务器预测各原子坐标,进而利用Swiss-PdbViewer生成三维空间模型.[结果]采用该方法成功获得紫花苜蓿肽基脯氨酰顺反异构酶基因的完整cDNA序列,全长为1 880 bp,mPPI蛋白质编码68AA,分子量约为7 829.9 Da,理论等电点pI＝8.99,原子组成为C_(338)H_(547)N_(103)O_(103)S_4,摩尔消光系数280 nm处为4 595,不稳定系数为42.16,脂肪系数为83.24,总平均亲水性为-0.456.[结论]根据物种间同源基因序列对跨物种间EST数据库进行同源检索筛选和拼接,是基因克隆的一条有效途径.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王海波	曲靖师范学院生物资源与环境科学学院	21	75	5.0	8.0