基于TGG的SBML与其他生物建模语言间的自动转换研究

• 作者: 季春光 朱世佳 王亚东 陶海军
• 来源期刊: 计算机研究与发展
• 学科: 工学
• 关键词: SBML 模型转换 TGG 图文法 XML
• 年，卷（期）: 2011,（5）
• 所属期刊栏目: 软件技术
• 页码范围: 885-896
• 分类号: TP311
• 字数: 6145字
• 语种: 中文

摘要

基于XSLT技术的SBML与其他生物建模语言之间的转换方法存在无法保证转换结果的确定性、语法正确性及不能满足模型转换的工业化需求等缺陷.针对以上问题,提出了利用图文法定义SBML Schema及其他生物建模语言,并且利用Triple Graph Grammar构造SBML与其他建模语言之间的转换方法.在此基础上,提出了一种基于单路径尝试条件的转换算法,该算法具有多项式时间复杂性,能够保证转换目标对象的确定性与语法正确性,给出了相关证明,并且讨论了该条件在生物模型转换中的适用性.与传统方法相比,该方法利用可视化方法实现转换,简化了定义过程;无需动态检查转换过程,只要转化规则正确即可保证转换结果正确;同时支持扩增传播以及模型间双向转换.最后,通过Petri网与SBML之间的转换例子证实了该算法的正确性与有效性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王亚东	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	92	1036	16.0	29.0
2	季春光	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	6	82	4.0	6.0
3	陶海军	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	6	65	3.0	6.0
4	朱世佳	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	1	2	1.0	1.0