新药研发网格中药物分子的对接方法

• 作者: 于坤千 康玲 李正夫 王希诚
• 来源期刊: 华中科技大学学报（自然科学版）
• 学科: 工学
• 关键词: 网格计算 药物分子设计 对接 优化 受体 配体 虚拟筛选 蛋白质柔性
• 年，卷（期）: 2011,（z1）
• 所属期刊栏目: 网格应用
• 页码范围: 205-208
• 分类号: TP393
• 语种: 中文

摘要

建立药物分子优化的粗略和精细对接模型,通过最小化分子间的相互作用得到最优的药物分子取向和构型.粗略对接只考虑配体的柔性信息,将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转3部分,而受体为刚性；精细对接则是在粗略对接模型中引入残基基团的概念,将蛋白质受体划分成若干个残基基团,通过这些残基基团的运动近似表征整个蛋白质的柔性.一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,能够快速而稳定地逼近最优解.将基于上述模型的粗略对接程序AGAsDock和精细对接程序FlexGAsDock用于新药研发网格,测试结果表明:这些程序能够有效地用于药物分子设计,并具有较高的网格计算效率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王希诚	大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室	54	538	12.0	21.0
2	于坤千	中国科学院上海药物研究所	5	7	2.0	2.0
3	康玲	大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室	5	25	3.0	5.0
4	李正夫	大连理工大学计算机科学与技术学院	2	3	1.0	1.0