基于Z曲线方法重新注释脑膜炎奈瑟菌MC58株基因组

• 作者: 吴映辉 郭锋彪 魏闻
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 脑膜炎奈瑟菌MC58株 基因组重注释 21变量Z曲线 支持向量机
• 年，卷（期）: 2011,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 545-554
• 页数: 10页
• 分类号: Q612
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1260.2011.00545

摘要

已测序的微生物基因组中包含的注释开放阅读框(open reading frames,ORFs)可以分为两大类:第一类对应于功能已知的蛋白质编码基因;第二类则为功能未知的假设ORFs,其中通常有一部分实际上不编码蛋白质.采用基于Z曲线的方法从属于第一类的功能已知基因出发训练参数,进而确定第二类ORFs中非编码的部分.通过支持向量机的学习及分类,结果显示十重交叉检验平均正确率为98.45%,说明Z曲线联合支持向量机是一种高度准确的基因识别方法.最终,确定216个假设ORFs实际上不编码蛋白质.通过采用Blastp进行序列比对,保留的假设ORFs中有341个在高可靠性的条件下获得了功能信息.根据蛋白质直系同源簇方法进行功能分类,分别有30、53、59和159个新注释的假设ORFs属于信息储存和加工类、细胞加工和信号传递类、新陈代谢类和特征不明显类.另外还有70个不属于其中的任何一类.注释结果比RefSeq及GenBank提供的原注释更加准确,更加完整.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭锋彪		3	12	2.0	3.0
2	魏闻		1	0	0.0	0.0
3	吴映辉		1	0	0.0	0.0