基于表达谱芯片和下一代测序技术筛选先天性心脏病胎儿心肌组织差异表达的miRNA

• 作者: 余章斌 朱春 白云飞 董小玥 郭锡熔 韩树萍
• 来源期刊: 医学分子生物学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 先天性心脏病 微小RNAs 差异表达
• 年，卷（期）: 2011,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 392-399
• 分类号: Q786
• 字数: 5018字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3870/j.issn.1672-8009.2011.05.004

摘要

目的 联合采用表达谱芯片和下一代测序技术同时高通量筛选先天性心脏病胎儿心肌组织表达差异的miRNA.方法 实验组为孕中期先天性畸形胎儿,对照组为同胎龄无心脏畸形的难免流产的胎儿,取胎儿心室心肌组织,联合采用Agilent Human 2.0 microRNAs表达谱芯片和SOLiD下一代测序技术同时观察心肌组织microRNA的表达变化,数据采用生物信息学方法进行分析,并用实时PCR方法验证芯片结果.结果 通过差异miRNA筛选,发现先天性心脏畸形组在表达谱芯片和下一代测序中共同差异的24个miRNA,生物信息学预测到1 606个靶基因,靶基因Gene Ontology分析表明其中与细胞进程、代谢过程、生物调控相关的靶基因为主,Pathway显著性分析表明,部分靶基因为生物信号通路中的关键因子;随机挑选共同表达差异的4个miRNA进行验证,结果表明定量PCR检测结果与芯片与下一代测序共同筛选结果基本相符.结论 这些在先天性心脏病中异常表达的miRNA为研究先天性心脏病分子水平上的发病机制提供了重要的线索,将有可能为心脏相关疾病的诊断和治疗提供新的靶点和研发新的药物.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭锡熔	南京医科大学附属南京妇幼保健院儿科	220	1261	16.0	21.0
2	余章斌	南京医科大学附属南京妇幼保健院儿科	88	841	16.0	24.0
3	韩树萍	南京医科大学附属南京妇幼保健院儿科	86	893	17.0	24.0
4	白云飞	东南大学分子与生物分子电子学实验室	9	83	4.0	9.0
5	董小玥	南京医科大学附属南京妇幼保健院儿科	16	227	9.0	15.0
6	朱春	南京医科大学附属南京妇幼保健院儿科	15	86	5.0	9.0