利用微卫星和SNP标记信息进行奶牛亲子鉴定的模拟研究

• 作者: 刘剑锋 刘林 初芹 周磊 张沅 王雅春
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 奶牛 SNP 微卫星标记 亲子鉴定 排除概率 模拟
• 年，卷（期）: 2011,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传繁育
• 页码范围: 169-176
• 分类号: S813.3
• 字数: 4992字
• 语种: 中文

摘要

本研究旨在比较微卫星标记和单核苷酸多态(SNP)标记进行奶牛亲子鉴定的效率.研究中随机模拟了10 000对含微卫星或SNP标记信息的非亲子关系的个体,用排除法进行亲子鉴定,该过程重复100次.结果表明,标记的多态性对于排除概率的影响最大.达到同样的排除概率,所需低多态标记数量远高于高多态标记.当真实母亲基因型已知时,个体父亲的推断效率较高.达到同样的排除概率,无论标记多态性高或低,3种鉴定类型所需SNP标记数量均大于微卫星标记.当SNP和微卫星标记的平均杂合度为0.484和0.875时,需要的SNP标记数是微卫星标记的5～6倍;当SNP和微卫星标记的平均杂合度为0.363和0.566时,需要的SNP标记数约是微卫星标记的2倍.在2种标记中,达到同样排除概率(大于0.99),采用至少2个矛盾推断原则推断所需标记数为单个矛盾推断原则的1.45倍.结果表明,由于SNP标记具有误判率低、重复性高和易于高通量自动化检测等特点,随着检测成本降低,SNP标记将来完全有可能取代微卫星标记用于奶牛群体的亲子鉴定.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王雅春	中国农业大学动物科技学院	102	619	12.0	20.0
2	张沅	中国农业大学动物科技学院	110	1282	19.0	28.0
3	刘剑锋	中国农业大学动物科技学院	24	196	8.0	13.0
4	初芹	北京市农林科学院畜牧兽医研究所	31	279	9.0	16.0
5	周磊	中国农业大学动物科技学院	34	175	7.0	12.0
6	刘林		29	165	8.0	12.0