基于布尔逻辑的双序列比对协处理器的设计与实现

• 作者: 冯萍 康继昌 王进科 陈亚东
• 来源期刊: 西北工业大学学报
• 学科: 工学
• 关键词: 双序列比对 协处理器 布尔逻辑 算法
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 页码范围: 1-5
• 分类号: TP399
• 字数: 4524字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2758.2011.01.001

摘要

文章针对基因研究中的快速完成双序列比对工作的需要,设计了一种双序列比对协处理器.该协处理器通过UsB接口与主机进行通信,采用基于布尔逻辑的比对算法完成双序列的比对.对碱基进行优化编码,使得用简单的门电路实现比对规则;使用流水寄存器,使得读碱基和序列比对并行工作,从而快速地完成具有显著相似性的DNA序列的比对.实验表明该协处理器具有结构简单、高效稳定、升级方便等特点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冯萍	西北工业大学计算机学院	37	204	9.0	12.0
2	康继昌	西北工业大学计算机学院	64	272	9.0	13.0
3	陈亚东	西北工业大学计算机学院	2	3	1.0	1.0
4	王进科	西北工业大学计算机学院	2	3	1.0	1.0