芒果细菌性黑斑病菌XcmR基因的克隆与序列分析

• 作者: 张欣 张贺 张辉强 漆艳香 蒲金基 谢艺贤 陆英
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 芒果细菌性黑斑病菌 群体感应 XcmR 生物信息学
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 所属期刊栏目: 生物技术与组织培养
• 页码范围: 663-667
• 分类号: S436.67
• 字数: 3334字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2011.04.019

摘要

根据黄单孢菌属LuxR基因的同源性设计简并引物XF/XR,采用同源克隆法从芒果细菌性黑斑病菌(Xanthomonas campestris pv.mangiferaeindicae)中获得了约1.4kb的DNA片段.经测序和序列同源性分析表明,该基因片段长1 422 bp含有一个完整的LuxR同源基因,并命名为XcmR.生物信息学分析表明,XcmR基因完整0RF(开放阅读框)全长765 bp,编码254个氨基酸,分子质量和等电点分别约为28.2 ku和8.9,与GenBank中公布的Xanthomonas属LuxR或AhvR/AsaR氨基酸序列具有86％～99％相似性.系统聚类结果表明,XcmR与来源于柑桔溃疡病菌(X.axonopodis pv.citri)、番茄疮痂病菌(X.c.pv.vesicatoria)、水稻白叶枯菌(X.oryzae pv.oryzae)和甘蓝黑腐病菌(X.c.pv.campestris)的LuxR蛋白聚成一支.NCBI网站蛋白质保守结构域搜索表明,XcmR是LuxR蛋白家族的一员,具有LuxR蛋白相似结构.