一种基于HMM的蛋白质侧链旋转异构体构造方法

• 作者: 吕强 吴进珍 杨凌云 杨鹏 温炜 黄旭
• 来源期刊: 小型微型计算机系统
• 学科: 工学
• 关键词: 侧链预测 旋转异构体库 隐马尔科夫模型
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 所属期刊栏目: 人工智能与算法研究
• 页码范围: 189-192
• 分类号: TP391
• 字数: 4954字
• 语种: 中文

摘要

蛋白质侧链预测是蛋白质结构预测以及蛋白质设计中非常重要的子问题,而旋转异构体库的构造是进行侧链预测的基础,为预测提供搜索空间.现有的旋转异构体库考虑的是单个氨基酸的统计信息,没有考虑与之相邻的氨基酸对其构象产生的影响.本文提出一种基于隐马尔科夫模型的旋转异构体库构造方法,将相邻氨基酸的构象信息也考虑进来,产生与序列相关的旋转异构体库.并采用蛋白质预测程序Rosetta对CASP8中的12个自由建模蛋白质在本文提出的旋转异构体库基础上进行侧链预测,与基于经典的旋转异构体库的侧链预测结果相比,在预测精度上有了一定的提高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕强	苏州大学计算机科学与技术学院	134	1011	15.0	26.0
5	吴进珍	苏州大学计算机科学与技术学院	5	12	2.0	3.0
6	杨鹏	苏州大学计算机科学与技术学院	19	91	6.0	9.0
7	黄旭	苏州大学计算机科学与技术学院	21	72	5.0	7.0
8	杨凌云	苏州大学计算机科学与技术学院	5	16	3.0	3.0
9	温炜	苏州大学计算机科学与技术学院	3	12	2.0	3.0