不同基因型HBV大S蛋白生物信息学初步比较分析

• 作者: 刘金辉 周艳 熊英 莫冰 邹淑慧
• 来源期刊: 医学分子生物学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 乙型肝炎病毒 大S蛋白 生物信息学
• 年，卷（期）: 2012,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 246-251
• 页数: 6页
• 分类号: R349.9
• 字数: 4049字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3870/j.issn.1672-8009.2012.04.000

摘要

目的 对不同基因型HBV的大S蛋白进行生物信息学比较研究,并分析其意义.方法 从GenBank中获取不同基因型(A~J)HBV的大S蛋白核苷酸与氨基酸序列,采用Clustal X,Bioedit软件进行核苷酸和氨基酸序列比对,计算核苷酸和氨基酸同源性,应用在线软件TMHMM v2.0以及AntheProt5.0软件分析大S蛋白跨膜区、信号肽与二级结构.结果不同基因型大S蛋白基因核苷酸同源性为83.0 %~95.3 %,氨基酸同源性为79.5 %~95.5 %;pre S1功能结构域(氨基酸1～75)含有多个高变异位点(氨基酸3、氨基酸28、氨基酸40、氨基酸43和氨基酸73);S蛋白有4次跨膜,S蛋白膜外功能结构域(氨基酸99～172)较保守,含有多个保守的半胱氨酸残基位点;S蛋白中存在潜在信号肽结构,氨基酸27和氨基酸98为潜在信号肽断裂位点;不同基因型大S蛋白均富含潜在α螺旋、β折叠和卷曲结构.结论 不同基因型HBV大S蛋白中差异较大区域是preS1,而S区相对较保守,为抗HBV药物设计、基因工程疫苗改良和HBV的致病机制等的研究提供依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘金辉	南昌大学医学院微生物学教研室	47	131	7.0	9.0
2	熊英		93	448	10.0	18.0
3	周艳	南昌大学医学院微生物学教研室	16	91	4.0	9.0
5	莫冰	南昌大学医学院微生物学教研室	17	96	6.0	9.0
6	邹淑慧	南昌大学医学院微生物学教研室	10	16	3.0	3.0