人类白细胞抗原HLA-B*5701和B*5801肽亲和特异性

• 作者: 吕娟 张亚兰 梅虎 潘显超 王青 谢江安 谭文
• 来源期刊: 中国科学（生命科学）
• 关键词: 人类白细胞抗原 B*5701 B*5801 SVM P-I理论 VHSE
• 年，卷（期）: 2012,（8）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 629-638
• 页数: 10页
• 语种: 中文

摘要

全基因组关联分析研究发现,abacavir的严重毒副作用具HLA-B*5701限制性,而仅在4个氨基酸位点存在差异的B*5801携带者却无明显反应,推测是由于B*5801无法结合致敏相关特异性多肽所致.因此,比较分析B*5701和B*5801的多肽亲和特性及B*5701特异性肽库是探索abacavi限制性毒副作用机理的首要内容.本文基于IEDB数据库,采用VHSE结构表征方法,建立了 HLA-B*5701和B*5801多肽亲和活性的支持向量机预测模型,其最优线性模型的R2,10-fold交互验证Q2和外部预测RpgE2分别为0.7530,0.7037,0.6153(B*5701)和0.6074,0.5966,0.5762(B*5801).研究表明,位于结合凹槽B口袋附近的45(MET-THR)和46(ALA-GLU)位突变残基对B*5701和B*5801结合肽P2位的氨基酸选择特异性影响较小,二者在P2位优先选择的氨基酸种类基本一致,仅在优先选择顺序上有所差异；位于C口袋和E口袋间的97位(VAL-ARG)突变残基明显改变了P7位氨基酸的选择偏好.对于HLA-B*5701,其P7位优先选择大体积正电性氨基酸(ARG,HIS,LYS),而B*5801则优先选择非极性的疏水性氨基酸,且正电性氨基酸对结合极为不利.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	梅虎		38	299	8.0	15.0
2	吕娟		4	11	2.0	3.0
3	谢江安		3	7	2.0	2.0
4	潘显超		6	12	2.0	3.0
5	张亚兰		6	12	2.0	3.0
6	王青		9	13	2.0	3.0
7	谭文		5	38	2.0	5.0