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基于随机森林和富集分析的阿尔茨海默症GWA研究
基于随机森林和富集分析的阿尔茨海默症GWA研究
作者:
李骜
王明会
邹亮
黄琼
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
全基因组关联分析
随机森林
富集分析
特征选择
阿尔茨海默症
摘要:
阿尔茨海默症是一种严重的神经退行性疾病,其确切成因至今尚未阐明.全基因组关联分析为阿尔茨海默症的研究提供了一种有效的途径,但目前常用的单变量假设检验分析技术不能有效检测与疾病密切相关的生物学机制.本文提出了一种将随机森林同富集分析技术联合用于阿尔茨海默症全基因组关联(GWA)数据分析的新思路.利用随机森林的后向特征选择方法对一组APOEε4基因携带者的阿尔茨海默症GWA数据进行了分析,筛选出1058个与疾病相关的单核苷酸多态性位点(SNPs),其中包括多个已被确认的阿尔茨海默症易感SNPs.进一步对这些SNPs进行富集分析,检测到“可变剪接”,“糖基化”,“神经元发育”等多个与疾病显著相关的基因功能标注,显示相应的生物学机制与APOEε4基因携带者中阿尔茨海默症的发生存在密切联系,为进-步揭示其发病机制提供了思路.这种将随机森林和富集分析相结合的策略,也适用于其他复杂疾病的GWA研究.
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文献信息
篇名
基于随机森林和富集分析的阿尔茨海默症GWA研究
来源期刊
中国科学(生命科学)
学科
关键词
全基因组关联分析
随机森林
富集分析
特征选择
阿尔茨海默症
年,卷(期)
2012,(8)
所属期刊栏目
论文
研究方向
页码范围
639-647
页数
9页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.1007/s11427-012-4343-6
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
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1
王明会
14
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5.0
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2
邹亮
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3
黄琼
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5.0
6.0
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李骜
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传播情况
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随机森林
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阿尔茨海默症
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
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期刊影响力
中国科学(生命科学)
主办单位:
中国科学院
出版周期:
月刊
ISSN:
1674-7232
CN:
11-5840/Q
开本:
出版地:
北京东黄城根北街16号
邮发代号:
创刊时间:
语种:
chi
出版文献量(篇)
2757
总下载数(次)
7
总被引数(次)
26341
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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