鸡Lpin1基因3'-UTR遗传变异及其对miRNA结合位点的潜在效应

• 作者: 孙桂荣 康相涛 张建宏 李素雅 陈文 韩瑞丽 黄艳群
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 鸡 Lpin1基因 3'-UTR 遗传变异 miRNA靶位点
• 年，卷（期）: 2012,（8）
• 所属期刊栏目: 畜牧·资源昆虫
• 页码范围: 1613-1620
• 分类号: S5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2012.08.017

摘要

[目的]研究鸡Lpin1基因3'-UTR遗传变异、单倍型及其在品种间的分布,并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应.[方法]根据鸡Lpin1基因组序列(GenBank登录号:NC_006090)设计一对特异性引物,采用PCR直接测序结合克隆测序的方法,进行鸡Lpin1基因3'-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析.[结果]①从6个品种中发现了8个变异位点,包含两个插入/缺失变异.这些变异均位于鸡Lpin1基因的3'-UTR,3'-UTR的变异频率为17SNPs/kb;②在鸡Lpin1基因3'-UTR区域,从固始鸡,卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点,未检测到河南斗鸡品种内的变异；③用次要等位基因频率≥5％的6个变异位点(g.11A＞T,g.77C＞G,g.108_109delinsG,g.110_111delinsG,g.270A＞G和g.348G＞T)进行单倍型的构建和分析,从6个品种鸡中共检测到6种单倍型,其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型,频率均大于30％,河南斗鸡仅包含一种单倍型；④g.77C＞G变异可引起多个miRNA结合位点的增加、丢失.[结论]鸡Lpin1基因3'-UTR具有丰富的变异,3'-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	康相涛		197	1360	17.0	27.0
2	李素雅	河南农业大学生命科学学院	3	8	2.0	2.0