基于随机聚合酶链反应的病原菌基因芯片检测技术

• 作者: 孙伟 曲险峰 李华宇 李箐 王景林 辛文文 高兴
• 来源期刊: 军事医学
• 学科: 医学
• 关键词: 细菌 基因芯片 特异基因 随机聚合酶链反应
• 年，卷（期）: 2012,（4）
• 所属期刊栏目: 技术方法
• 页码范围: 304-308
• 分类号: Q503|R372
• 字数: 4483字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-9960.2012.04.016

摘要

目的 建立一种基于随机聚合酶链反应的病原细菌基因芯片筛查检测技术.方法 用生物学软件分析7种病原菌特异性基因序列的保守性区域,利用Oligo 6.0软件设计针对靶细菌的一系列探针,制备检测用基因芯片.细菌基因组DNA在随机引物扩增中掺入氨基丙烯-dUTP,产物偶联荧光染料后与芯片上探针杂交,通过芯片扫描仪和图像分析软件对结果进行判断.选取19种病原菌基因组DNA进行芯片特异性验证和灵敏度评价,使用问号钩端螺旋体对应靶探针进行基因芯片检测方法重复性验证,并制备问号钩端螺旋体模拟水污染样本进行芯片检测.结果 在均一的杂交条件下4种靶细菌均能得到相应特异性杂交图谱,其他非目的 细菌均为阴性结果,3种靶细菌基因组DNA最低检测浓度为14.43～363.4 pg/μl,芯片重复性变异系数CV值＜15%,最低可检测含问号钩端螺旋体7×105条/ml模拟水污染样本.结论 初步建立的随机聚合酶链反应结合芯片技术的检测方法可用于多种病原菌筛查检测,为细菌高通量筛查与鉴定技术提供了新的思路和实验依据.