副猪嗜血杆菌肽聚糖相关脂蛋白(PalA)的序列分析及三维结构建模

• 作者: 吴学敏 周伦江 庄向生 江斌 王隆柏 车勇良 陈如敬 魏宏
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 副猪嗜血杆菌 肽聚糖相关脂蛋白 序列分析 同源建模
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 所属期刊栏目: 预防兽医
• 页码范围: 438-445
• 分类号: S852.612
• 字数: 2441字
• 语种: 中文

摘要

为深入研究副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)肽聚糖相关脂蛋白(Peptidoglycan-associated lipoprotein,palA)的生物学特性,设计了一对特异性引物,应用PCR方法来扩增Hps palA的全基因序列,进行克隆和测序.采用生物信息学方法,对Hps的palA基因核苷酸及其编码氨基酸序列进行比对,选取其中的血清学5型分离株,对其PalA蛋白的分子结构、理化性质及结构功能域、蛋白质二级结构等重要参数进行了预测和分析,并对PalA蛋白的三级结构进行了同源建模.结果显示,PCR扩增出462 bp的目的片段；测序结果显示出不同血清型Hps之间palA基因核苷酸序列相似性有一定的差异,而所对应的氨基酸序列却差异很小；密码子偏爱性分析表明palA基因主要偏好GCA和AAA; PalA蛋白的理论等电点为6.28,偏弱酸性；PalA蛋白的二级结构以α螺旋、不规则卷曲和延伸链为主要构件；Hps的PalA蛋白的氨基酸序列与流感嗜血杆菌Pal蛋白的相似性为71.97％,以Pal蛋白结构为模板成功构建了Hps的PalA蛋白三维结构分子模型,该PalA蛋白三维结构与Pal蛋白相似,也含有肽聚糖结合口袋区,主要由第80位的酪氨酸( Tyr)、第39位的苯丙氨酸(Phe)和第84位的亮氨酸(Leu)组成.Hps的PalA蛋白的成功建模为PalA蛋白功能的深入研究提供了参考依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	江斌	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	133	303	8.0	11.0
2	王隆柏	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	52	356	12.0	17.0
3	周伦江	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	56	471	12.0	19.0
4	陈如敬	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	30	215	9.0	14.0
5	魏宏	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	29	203	9.0	13.0
6	车勇良	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	26	223	10.0	14.0
7	吴学敏	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	19	126	6.0	11.0