GPU加速分子动力学模拟中的电荷分布计算

• 作者: 刘青昆 宫利东 张德好
• 来源期刊: 计算机应用与软件
• 学科: 工学
• 关键词: GPU通用计算 集群系统 分子动力学 电荷分布 ABEEMσπ模型
• 年，卷（期）: 2012,（10）
• 页码范围: 79-81
• 分类号: TP391
• 字数: 4656字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-386x.2012.10.022

摘要

在集群与GPU组成的异构并行计算平台上,使用MPI+CUDA混合编程模型,实现基于ABEEMσπ模型的分子动力学模拟中电荷分布的计算.通过对电荷分布分布求解中的计算部分移植到GPU上进行,并针对算法中通信开销大和资源未充分利用的问题,通过异构平台的异步并发方法进行优化,提高了求解效率.性能测试结果表明,相比于单纯MPI并行算法,优化后GPU加速的异构并行算法,在化学大分子模型电荷分布计算上,有着明显的性能优势.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘青昆	辽宁师范大学计算机与信息技术学院	51	297	9.0	15.0
2	宫利东	辽宁师范大学计算机与信息技术学院	46	208	9.0	11.0
3	张德好	辽宁师范大学计算机与信息技术学院	2	3	1.0	1.0