2009年中国云南昆明地区柯萨奇病毒A组16型遗传特性分析

• 作者: 孙强明 施海晶 李华 李琦涵 杨卉娟 潘玥 陈俊英 马绍辉
• 来源期刊: 中国生物制品学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 柯萨奇病毒A组16型 VP1 序列分析
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 9-12
• 分类号: R373.2+3
• 语种: 中文

摘要

目的 对2009年中国云南昆明地区柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CoxA 16)毒株的部分VP1区进行分析,了解CoxA16的遗传特性.方法 设计针对肠道病毒A群的通用引物,采用半巢式RT-PCR扩增目的片段,对PCR产物测序；使用Omiga和Mega4.1等生物学软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及病毒的系统进化分析.结果 200份2009年昆明市儿童医院临床诊断为手足口病或并发脑炎疑似肠道病毒感染的患者粪便标本中有52份为CoxA16感染,其中15份来自脑炎患者.52株CoxA 16病毒部分VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性均较高,核苷酸序列同源性为98.5％～100％,氨基酸序列同源性为98.8％～100％;与shzh00-2、shzh99-48和107/Toyama/1990相比较,核苷酸序列同源性为92.3％ ～ 93.8％,氨基酸序列同源性为95.3％～96.8％；与国际标准株G10相比较,核苷酸序列同源性为78.5％～ 80.3％,氨基酸序列同源性为93.2％ ～ 94.5％；与其他13个参考株的核苷酸序列同源性为96.6％～99.5％,氨基酸序列同源性为98.3％～100％.基因系统进化分析显示,52株CoxA16均属于B基因型的一个分支.结论 2009年中国云南昆明地区CoxA16株属于B2亚型.