多肽一级结构表征与抗菌肽QSAM建模

• 作者: 代志军 柏连阳 王立峰 苏满秀 袁哲明
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: 结构表征 定量序效模型 抗菌肽 支持向量回归 特征筛选
• 年，卷（期）: 2012,（11）
• 所属期刊栏目: 物理化学
• 页码范围: 2526-2531
• 页数: 6页
• 分类号: O641
• 字数: 4166字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7503/cjcu20120119

摘要

从整体上考虑多肽一级结构,提出了3种仅基于多肽氨基酸序列、计算简便、适于不等长肽和可捕获多肽上下文关联特征的多肽新描述子,即地统计学关联(GS-AA531)描述子、多尺度组分与关联(MSCC)描述子和地统计学关联与多尺度组分(GS-AA531-MSC)描述子.将其应用于2个抗菌肽体系(等长肽与不等长肽)的结构表征,并以支持向量回归建立QSAM模型.模型的拟合、留一法及独立测试结果表明,结合特征筛选的新描述子GS-AA531与GS-AA531-MSC的预测精度明显稳定且优于其它参比描述子,在多肽QSAM研究中具有广泛应用前景.