同类提取法结合序列向前法预测大鼠肝再生的关键基因

• 作者: 刘云卿 周运 徐存拴 李钧涛 黄荧
• 来源期刊: 河南科学
• 关键词: 大鼠肝再生 基因表达丰度 序列向前法 同类提取法 关键基因
• 年，卷（期）: 2013,（7）
• 页码范围: 964-967
• 页数: 4页
• 分类号: Q332
• 语种: 中文

摘要

从生物高通量检测数据中挖掘关键基因/蛋白是生物信息学的重要研究内容.用大鼠基因组表达谱芯片Rat Genome 2302.0检测大鼠肝再生中肝细胞的基因表达丰度和计算它们与对照的比值（ratio值），用F检验发现， Ccne1、Eg f、Met等8419个基因与大鼠肝再生相关.用过滤法从中筛选出3202个差异基因，用同类提取法从差异基因筛选出1000个特征基因.取前100个特征基因作为初选基因，进一步用序列向前法计算发现，Ccnd1、Grin2a、Spsb4等7个基因满足肝再生候选关键基因的条件.再用同类提取法分析发现，上述7个基因中，Ccnd1和Agtr1的关联度≥100，且文献报道与肝再生相关，当属关键基因.用机器学习法检验关键基因的正确性发现，同类提取法结合序列向前法预测的关键基因正确率达97%以上.因此，用该方法预测关键基因切实可行，值得推广应用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐存拴	河南师范大学生命科学学院	181	962	16.0	21.0
3	李钧涛	河南师范大学数学与信息科学学院	30	129	7.0	10.0
6	黄荧	河南师范大学数学与信息科学学院	2	9	2.0	2.0