基因组规模DNA 甲基化测序数据处理及其表观遗传分析

• 作者: 单杲 徐建红 王庭璋 薛庆中
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 新一代测序 DNA 甲基化 BS-Seq 数据处理 表观遗传学
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 综述
• 页码范围: 685-694
• 页数: 10页
• 字数: 6946字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2013.00685

摘要

鉴定DNA 甲基化胞嘧啶(mC)并能制作基因组规模甲基化图谱的新方法--BS-Seq,最近已被开发,它是基于新一代高通量测序结合DNA 亚硫酸氢盐转换技术,不仅可以从基因组规模洞察不同生物之间在DNA 甲基化水平和模式上的差异,也能从不同基因组区域,包括基因、外显子、重复序列等方面,阐明DNA 甲基化环境和核苷酸偏好上的保守性,加深理解DNA 胞嘧啶(C)甲基化在调控基因表达和沉默转座子等重复序列中所起的表观遗传学影响.文章举例介绍了DNA 甲基化位点数据预处理的具体步骤,通过处理分别将参考序列中的胞嘧啶(C)替换成胸腺嘧啶(T),鸟嘌呤(G)替换成腺嘌呤(A),而将读序列中的胞嘧啶(C)替换为胸腺嘧啶(T).文章综述了全基因组DNA 甲基化分析的主要内容,包括:(1)不同序列环境下的胞嘧啶甲基化; (2)全基因组上的甲基化的分布情况; (3)DNA 甲基化环境和核苷酸的偏好; (4)DNA-蛋白质互作位点上的DNA 甲基化; (5)不同基因结构元件的胞嘧啶甲基化程度.DNA 甲基化分析技术为研究不同物种的表观基因组,环境和表观互作提供了强大的工具,并为进一步发展人体疾病诊断和治疗方法提供理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	薛庆中	浙江大学农业与生物技术学院	86	2472	28.0	47.0
2	徐建红	浙江大学农业与生物技术学院	21	132	5.0	11.0
3	王庭璋	浙江大学农业与生物技术学院	2	3	1.0	1.0
4	单杲	浙江大学农业与生物技术学院	1	0	0.0	0.0