定向RNA-Seq技术在铜绿假单胞菌的应用

• 作者: 张樱 罗燕萍 金守光 陈昊
• 来源期刊: 解放军医学院学报
• 学科: 医学
• 关键词: 铜绿假单胞菌 定向高通量测序 转录组
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 页码范围: 647-649
• 页数: 3页
• 分类号: R378
• 字数: 1980字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-5227.2013.06.032

摘要

目的探讨定向转录组测序技术在铜绿假单胞菌的应用，为研究基因组的注释和表达调控提供重要手段。方法抽提菌体RNA并去除rRNA，连接接头后用特异性引物反转录成cDNA，PCR扩增后测序；所得数据采用Bowtie和rSeq软件分析。结果在所有26557654条读段中，除去无效读段209928条，与基因组匹配的读段为26347726条，测序结果能覆盖几乎99%的基因组，78.7%的基因来源于两个方向转录本映射读段，读段数最高的基因是ssrA，发现新的基因2283个。结论成功建立了铜绿假单胞菌中的定向RNA-Seq技术。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	罗燕萍	解放军总医院微生物科	124	1885	22.0	38.0