人Sox10基因启动子区高甲基化的预测和验证

• 作者: 余鸿 李文英 肖岚 陈兴书
• 来源期刊: 第三军医大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 人Sox10基因启动子区甲基化 生物信息学分析 MSP BSP 人多形性胶质母细胞瘤
• 年，卷（期）: 2013,（20）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 2168-2171
• 分类号: R394-33|R394.3
• 语种: 中文

摘要

目的 运用生物信息学方法预测人Sox10基因启动子区甲基化情况并进行实验验证.方法 从GenBank 获取人Sox10基因序列,利用Methyprimer 11.0软件、Li lab、CpG Island Searcher预测其启动子区CpG岛.进一步运用甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)和重亚硫酸盐测序(bisulfite sequencing PCR,BSP)方法检测人Sox10基因启动子区CpG岛在多形性胶质母细胞瘤和瘤周组织中的甲基化情况.结果 经过生物信息学分析发现,人Sox10基因启动子区存在2个CpG岛,分别为165 (1241～1405) bp和105(1 478～1 582) bp.针对这两个CpG岛设计引物行MSP和BSP实验,研究发现,在人多形性胶质母细胞瘤和瘤周组织中Sox10基因启动子区CpG岛均出现部分甲基化,其中在多形性胶质母细胞瘤中的甲基化率为90.5％,在瘤周组织中的甲基化率为28.5％.结论 本研究证实了人Sox10基因启动子区CpG岛在多形性胶质母细胞瘤中出现高甲基化,提示其表达下调可能受甲基化调节.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	余鸿	泸州医学院基础医学院组织学与胚胎学教研室	94	593	12.0	20.0