微生物分类单元聚类算法比较研究

• 作者: 周晨 张绍武 陈伟
• 来源期刊: 北京生物医学工程
• 学科: 医学
• 关键词: 聚类 操作分类单元 16S rRNA基因 微生物
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 591-597
• 页数: 7页
• 分类号: R318
• 字数: 4337字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-3208.2014.06.07

摘要

目的 随着高通量测序技术的发展,产生了大量的微生物16S rRNA基因序列数据.对该数据进行精确的微生物操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)划分,有助于了解环境中微生物的种群组成及分布.方法 本文在真实数据集与模拟数据集上,对现有的7种流行OTU单元聚类算法进行了对比研究,并分析了这些算法的优缺点及使用范围.结果 序列长度、测序深度对聚类结果均有影响.结论 相同的序列相似性阈值下,不同的聚类算法聚类结果差异较大,其中CROP算法的鲁棒性和抗噪性较好.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张绍武	西北工业大学自动化学院	66	809	14.0	26.0
2	陈伟	西北工业大学自动化学院	31	159	8.0	10.0
3	周晨	西北工业大学自动化学院	1	8	1.0	1.0