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一种结合生物医学知识的蛋白质组非标记定量分析方法及其应用
一种结合生物医学知识的蛋白质组非标记定量分析方法及其应用
作者:
杨睿
段会龙
潘超
苏运聪
邓宁
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
蛋白质组学
非标记定量分析
生物质谱
生物医学知识
摘要:
基于质谱的非标记定量方法能够对复杂蛋白质组进行规模化分析,同时,在定量分析的基础上理解和解释蛋白质组的功能和相互作用关系更有意义.这需要建立一种有效的兼容定量和定性分析结果的方法.针对这一需求,本文首先借鉴了NSAF(normalized spectral abundance factor)算法采用肽段计数对蛋白质组数据进行定量,进一步结合共享肽对该方法进行优化.以此为基础,通过g:Profiler获取海量蛋白质组的功能注释信息,在定量分析的过程中,同步实现了对蛋白质组数据的功能性分析.本文选择来自人心脏、小鼠心脏、小鼠肝脏的三组线粒体蛋白质组数据对该方法进行验证,按照功能性分析将三组数据划分为若干功能组或信号通路,并进行相关性、功能聚类以及电子传递链分析.结果表明,结合共享肽的优化算法克服了对低丰度蛋白质的错误估计,提高了非标记定量的准确性.同时,结合生物医学知识的分析方法解释了蛋白质组的功能和相互作用关系,为差异比较蛋白质组学、疾病蛋白质组学以及功能蛋白质组学等组学研究提供了新的方法.
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内容分析
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相关文献总数
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(/年)
文献信息
篇名
一种结合生物医学知识的蛋白质组非标记定量分析方法及其应用
来源期刊
生物化学与生物物理进展
学科
关键词
蛋白质组学
非标记定量分析
生物质谱
生物医学知识
年,卷(期)
2015,(1)
所属期刊栏目
技术与方法
研究方向
页码范围
82-90
页数
9页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.3724/SP.J.1206.2014.00191
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
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段会龙
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节点文献
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非标记定量分析
生物质谱
生物医学知识
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
生物化学与生物物理进展
主办单位:
中国科学院生物物理研究所
中国生物物理学会
出版周期:
月刊
ISSN:
1000-3282
CN:
11-2161/Q
开本:
大16开
出版地:
北京朝阳区大屯路15号中国科学院生物物理研究所内
邮发代号:
2-816
创刊时间:
1974
语种:
chi
出版文献量(篇)
3726
总下载数(次)
14
总被引数(次)
39155
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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