能源短缺、环境污染已成为制约我国经济增长的重要瓶颈。现有研究地区生产效率的国内外文献大多未同时考虑能源和环境因素,且未能剥离外部效应及随机误差对效率值的影响。为了克服这一缺陷,采用加入能源环境因素的三阶段 DEA 模型对我国各地区绿色生产率进行实证分析。研究发现:在对投入变量进行三阶段调整后,整体绿色生产效率、纯技术效率、规模效率均发生了不同程度的变化,若不剔除外部效应和随机因素的影响,将导致各地区纯技术效率被低估,规模效率被高估;除江苏、山东、四川三省外,绝大多数省份处于规模报酬递增或不变阶段,很多企业并未实现规模经济;从各区域的情况看,华中地区的绿色生产率水平最高,西南地区次之,西北地区最低,传统的将西南地区和西北地区统一作为西部地区处理的方式,掩盖了两者的差异。在此基础上,提出了推进产业转型升级、促进中小企业适度规模发展、加强地区绿色合作的政策建议。