猪α(1,2)岩藻糖转移酶基因(FUT1)启动子区结构特征及多态性分析

• 作者: 刘颖 包文斌 吴圣龙 吴森 夏日炜 孙寿永 朱国强
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 关键词: 猪 α(1,2)岩藻糖转移酶基因(FUT1) 启动子区 多态性分析
• 年，卷（期）: 2015,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 917-922
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2015.07.008

摘要

α-(1,2)岩藻糖转移酶基因1(FUT1)是断奶仔猪F18大肠杆菌(Escherichia coli)抗性的重要候选基因.为探讨FUT1基因启动子区的分子结构特征和重要的变异位点,本研究基于前期猪(Sus scrofa) FUT1基因上游序列转录活性双荧光素酶报告基因的检测结果,对表现出启动子活性的FUT1基因上游非编码区-1150～50 bp区域CpG岛、启动子和转录因子结合位点等结构特征进行生物信息学分析,并利用聚合酶链式反应-单链构象多态(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)方法对该段序列在野猪和11个不同猪品种中的多态性进行分析.实验结果表明,FUT1基因上游启动子区序列存在3个CpG岛(CpG islands),分别位于-1104～-886 bp、-796～-619 bp和-316～-130 bp;启动子和转录因子结合位点的特征分析显示,该序列存在特异性蛋白-1 (specificity protein 1,Spl)、核转录因子-2(nuclear transcription factor2,NRF-2)、E26特异性转录因子(E26 transformation-specific,c-Ets)和GATA结合蛋白1(GATA-binding protein 1,GATA-1)等转录因子结合位点;PCR-SSCP结果显示,FUT1基因的启动子区存在一个T(-726)C的突变位点,共检测到AA、AB和BB 3种基因型,分型后计算出各群体的基因型和等位基因频率,分析结果显示,梅山、荣昌、小梅山AA基因型频率很低,而野猪以及二花脸、枫泾、淮猪、香猪等中国地方猪品种中仅检测到BB和AB基因型,未检测到AA基因型.本研究结果进一步证实,中国地方猪种和引进猪种F18大肠杆菌抗性的遗传基础存在明显差异,这种差异可能与FUT1基因启动子区T(-726)C位点变异有关.研究结果为可稳定遗传的功能多态位点的筛选以及开展FUT1基因的启动子区调控机理研究奠定基础.