基于核糖体DNA第二内部转录间隔区(ITS2)序列鉴定四季青及其近缘种和混伪品

• 作者: 廖保生 焦文静 王丽丽 王晓玥 陈晓辰 韩建萍
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 关键词: 四季青 DNA条形码 冬青属 第二内部转录间隔区(ITS2) 鉴定
• 年，卷（期）: 2015,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 598-605
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2015.05.005

摘要

中药材四季青(Ilicis Chinensis Folium)的基原植物冬青(Ilex chinensis是重要的园林观赏物种.利用DNA条形码技术可以快速、准确鉴定四季青及其近缘种和混伪品.本研究以冬青、铁冬青(Ilex rotunda)、秤星树(Ilex asprella)、枸骨(Ilex cornuta)和女贞(Ligustrum lucium)等37份植物样本为实验材料,提取全基因组DNA,扩增核糖体DNA第二内部转录间隔区(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列并进行双向测序.测序结果利用CodonCode Aligner 4.2.7进行序列拼接,获得高质量ITS2序列.同时从GenBank中获得28条冬青的同属近缘种以及混伪品女贞、四川山矾(Symplocos setchuensis)的ITS2序列.基于隐马尔科夫模型(hidden Markov model,HMM)注释5.8S和28S,获得完整的ITS2区域,进而应用MEGA6.0(molecular evolutionary genetics analysis)进行冬青种间和种内序列分析,计算种内种间K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离,构建邻接树(neighbor-joining tree,NJ tree).结果表明,琼脂糖凝胶电泳得到清晰明亮的均一条带,说明利用通用的ITS2引物可以成功扩增到用于测序的PCR产物.通过PCR产物测序、数据处理和序列分析可知,冬青种内ITS2长度经过比对后为239 bp,全部样品的种间ITS2比对后长度为269 bp.冬青种内有4个变异位点以及6个单倍型,种间有143个变异位点,远远多于其种内变异位点.MEGA6.0分析结果表明,种间最小K2P遗传距离(0.094)大于种内最大K2P遗传距离(0.013).邻接树显示,女贞和四川山矾分别以100％的自展支持率分别聚类,表现出良好的单系性,冬青属物种聚为一大支.冬青在冬青属下可以单独聚为一支,可以进行区分.冬青属其他物种以同一亚属聚为一支.研究结果表明,作为一种快速、准确、简便的分子生物学鉴定方法,ITS2可以应用于冬青及其近缘种和混伪品的鉴定,同时对于准确鉴定冬青属物种亦有巨大潜力,可为冬青属植物在临床上的用药安全和开发应用提供科学依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈晓辰	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	6	106	5.0	6.0
2	王丽丽	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	10	51	5.0	7.0
3	韩建萍	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	17	321	11.0	17.0
4	廖保生	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	4	62	3.0	4.0
5	焦文静	北京化工大学生命科学与技术学院	1	2	1.0	1.0
6	王晓玥	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	3	15	2.0	3.0