淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB二级结构及其B细胞和T细胞表位分析

• 作者: 刘银凤 张莉 张雷 李海龙
• 来源期刊: 中国病原生物学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 淋病奈瑟菌 ProB蛋白 T细胞表位 B细胞表位 生物信息学
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 215-219
• 页数: 5页
• 分类号: R378.16
• 语种: 中文
• DOI: 10.13350/j.cjpb.150306

摘要

目的 分析淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB的二级结构及其潜在的优势B细胞和T细胞抗原表位. 方法 应用在线工具TMHMM对PorB全长氨基酸序列进行跨膜区域分析,利用EXPASY服务器上的GOR4和SOPMA工具预测PorB的二级结构,通过DNAStar软件Protean模块的Karplus-Schulz、Kyte-Doolittle、Emini方法和Jameson-Wolf方法分析PorB蛋白的柔韧性、亲水性、表面可及性和抗原性,以综合预测其优势B细胞表位.选择常见的HLA基因型,并兼顾小鼠H2-Ed、Ek限制性,利用SYFPEITHI软件以多肽氨基酸是否为锚定残基、辅助残基或优势残基进行记分,选择得分高的肽段作为候选T细胞表位,采用NetMHC-Ⅱ软件以肽段分子与MHC分子的亲和力为依据,判断肽段的抗原性,综合SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ软件分析结果以确定T细胞抗原表位存在的可能区域. 结果 PorB蛋白的N端第1-20氨基酸为跨膜区,第20以后的氨基酸则位于膜外;PorB的二级结构以无规则卷曲为主,亦可见α螺旋和β折叠;根据其柔韧性、亲水性、表面可及性和抗原性特征综合分析,PorB优势B细胞表位可能存在于氨基酸序列N端的第165-175,195-206,236-243,275-282肽段;SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ软件预测出T细胞优势表位可能位于第18-32、126-142和186-200肽段. 结论 应用生物信息学方法分析PorB蛋白的T细胞和B细胞优势表位可能分别是第18-32、126-142和186-200肽段,165-175,195-206,236-243,275-282肽段,为淋球菌表位疫苗的研制提供了思路和理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张雷		38	84	6.0	7.0
2	张莉		31	66	6.0	6.0
3	李海龙		4	9	2.0	3.0
4	刘银凤		2	0	0.0	0.0