RNA-seq技术鉴定Bt水稻对拟环纹豹蛛肠道基因表达的影响

• 作者: 梁运姗 王娟 王智
• 来源期刊: 湖南农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: Cry1Ab蛋白 拟环纹豹蛛 肠道 转录组
• 年，卷（期）: 2015,（9）
• 所属期刊栏目: 农业生物技术
• 页码范围: 1-4
• 页数: 4页
• 分类号: S636.2
• 字数: 4311字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16498/j.cnki.hnnykx.2015.09.001

摘要

为了探究Bt水稻对拟环纹豹蛛体内基因表达水平的影响,利用Illumina 2000测序平台对蜘蛛肠道进行转录组测序并分析其基因表达情况,从分子角度揭示Bt水稻的生物安全性.对肠道测序共获得65 028 186条clean reads,经Trinity软件拼接得到135 829条长度大于200bp的Unigene用于整个转录组分析.用FPKM法计算2个样本中基因的表达量,并以负二项分布检验法分析其显著性.结果显示,富集Bt的拟环纹豹蛛体内相对于正常蜘蛛显著差异表达的基因有142个,包括1个下调141个上调,并且其差异表达倍数都在8倍以上(FDR＜0.05,Log2Ration＞2).利用Blast程序将差异基因与COG,GO和KEGG数据库进行比对,对差异基因进行功能注释.注释结果描述的酶、生物学过程和代谢途径与细胞内产能反应相关,如细胞色素c氧化酶,氧化磷酸化等.推测Cry1Ab可能对拟环纹豹蛛体内能量代谢相关基因的表达有一定的影响.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王智	湖南农业大学生物科学技术学院	52	132	6.0	9.0
2	王娟	湖南农业大学生物科学技术学院	34	94	5.0	8.0
3	梁运姗	湖南农业大学生物科学技术学院	5	48	3.0	5.0