广西巴马小型猪内源性反转录病毒进化年代分析

• 作者: 吴健敏 欧阳康 钟雅婷 饶桂波 马玲 黄红梅
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 广西巴马小型猪 猪内源性反转录病毒 进化年代
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·资源昆虫
• 页码范围: 778-787
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.04.15

摘要

[目的]确定广西巴马小型猪内源性反转录病毒(PERV-BM)的进化年代.[方法]对先前扩增、测序获得的9个PERV-BM的LTRs,一个PERV-BM全长基因组序列,登录号为HM159246及GenBank上发表的所有背景清楚的猪内源性反转录病毒(PERV)的LTRs及env序列进行分析.首先利用DAMBE软件对上述序列比对分析,合并同源性较高的,筛选有差异代表性的核酸序列的数据集.然后利用MEGA5.2软件Neighbor-Joining方法计算PERV-BM遗传进化关系.利用DAMBE软件对上述筛选的序列集进行替换饱和度计算,分析核酸进化速率的稳定性;利用MEGA5.2软件,通过最大相似法对筛选数据制作的遗传进化树进行分子钟行为分析.最后对广西封闭群内的广西巴马小型猪3'-LTR序列进行替代饱和度及分子钟分析,对符合分子钟行为的LTRs序列,以假设的恒定进化速率计算PERV-BM的进化年代.[结果]经过DAMBE软件分析后,选出80多个GonBank上发表的有代表性的env、LTRs序列数据集.对PERV-BM (HM159246)序列全长遗传进化分析显示,PERV-BM与中国的PERV核酸序列EF133960和GU980187,荷兰的AF356697亲缘关系较近,与韩国的HQ540595和美国的AF038600和NC_003059亲缘关系则较远.利用DAMBE软件对筛选数据集替换饱和度检测结果显示,S和V值随PERV序列之间进化分歧的增加呈线性的增加.LTRs序列数据集替换饱和曲线呈线性关系,没有替换饱和现象发生,LTRs的进化随时间持续且稳定.数据集env序列替换饱和曲线不完全呈线性关系,表明env序列集进化速率不稳定.利用MEGA5.2的最大相似法对LTRs和env数据集的进化树进行分子钟行为检测结果显示,LTRs序列集接受分子钟假说,env进化不符合分子钟行为,这和不饱和度检测的结果一致.因此可用LTRs进化的近分子钟行为进行PERV进化年代的计算.利用DAMBE软件对广西封闭群内的广西巴马小型猪3'-LTR序列进行替代饱和度及分子钟分析结果显示,3,-LTR的进化符合分子钟行为可用于进化年代计算.假设以灵长类ERV的积累突变率,每个核苷酸每年的替换率2.3 x 10-9-5.0x104,计算PERV-BM约进化于3.3x106-7.1 x 106年前.[结论]PERV-BM进化年代与欧洲小型猪PERV进化时间7.6x106年前相近.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄红梅		35	172	6.0	11.0
2	吴健敏		50	306	10.0	14.0
3	马玲		14	71	4.0	8.0
4	饶桂波		7	23	3.0	4.0
5	钟雅婷		1	2	1.0	1.0
6	欧阳康		2	14	2.0	2.0