两个贵州山羊品种 GHSR 和 GHRL 基因遗传变异及其与生长性状的关联性

• 作者: 刘彬 刘若余 孙岩岩 宋桃伟 张依裕 罗卫星 蔡惠芬
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: GHSR基因 GHRL基因 遗传变异 生长性状 关联分析
• 年，卷（期）: 2015,（1）
• 所属期刊栏目: 畜牧?兽医?资源昆虫
• 页码范围: 140-153
• 页数: 14页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.01.14

摘要

【目的】探讨 GHSR 和 GHRL 基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性，寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材，采用 DNA 混合池结合 PCR 产物直接测序及PCR-SSCP 技术检测 GHSR 和 GHRL 基因的单核苷酸多态性，利用 SPSS (18.0)软件 GLM 统计模型分析基因 SNPs 不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性，同时采用在线软件对 GHSR 基因进行生物信息学分析。【结果】在 GHSR 基因外显子2和3′UTR 分别检测到 G200A 同义突变和 T628C 位点，而在5′UTR 区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对 G200A 位点进行 PCR-SSCP 分析，表现为3种基因型，依次命名为 GG、GA 和AA。GG 基因型为优势基因型，在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因 G 为优势等位基因，其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中 A 则为优势等位基因，其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在 GHRL 基因内含子2处发现1个 G141A 突变，外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C 和 C14T)，设计一对特异性引物对 C14T 位点进行 SSCP 分析，显示为2种基因型 CT 和 CC。在所有试验群体中，CC 基因型为优势基因型，其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390，等位基因 C 为优势等位基因，其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695，多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ2检验显示所有试验群体 G200A 和 C14T 位点基因型分布均符合 Hardy-Weinberg 平衡(P＞0.05)。关联分析表明， GHSR 基因 G200A 位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关(P＜0.05)，纯合子 GG 基因型优势较为明显，贵州白山羊 GG 基因型个体的体高显著高于 GA 基因型个体和管围显著高于 AA 基因型个体(P＜0.05)。C14T 位点贵州黑山羊(公羊) CC 基因型个体的体重、体高和胸围显著高于 CT 基因型(P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05)，表现为 CCGG 合并基因型个体的体高显著高于 CCAA合并基因型个体(P＜0.05)。生物信息学分析揭露，GHSR 基因5’UTR 处未检测到核心启动子区和 CpG 岛，仅发现1个 CAAT-box 和部分潜在的转录因子结合位点，G200A 导致 mRNA 二级结构发生明显变化。GHSR 蛋白二级结构以α-螺旋为主(48.90%)，三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测 GHSR 基因和 GHRL 基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响，G200A 和 C14T 位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。