火炬松生长和松脂性状相关候选基因的单核苷酸多样性分析

• 作者: 刘天颐 刘纯鑫 徐斌 杨会肖 王金榜 黄少伟
• 来源期刊: 华南农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 火炬松 候选基因 单核苷酸多态性 连锁不平衡
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 页码范围: 75-81
• 页数: 7页
• 分类号: S722.3
• 字数: 4838字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7671/j.issn.1001-411X.2016.01.013

摘要

[目的]对火炬松Pinus taeda生长和松脂产量相关功能基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行筛选与分析,为分子标记辅助育种提供技术基础.[方法]利用生物信息学对火炬松cDNA文库进行整理、比对、剪接、注释,挑选出与生长素、赤霉素、细胞分裂素及蒎烯合成相关的非重复序列基因(Unigene)作为候选基因片段,利用MEGA5.0和DnaSP4.0软件对火炬松36个单株的8个候选基因片段进行序列比对和分析.[结果]所测序列总长为5 177 bp,检测到184个SNP位点,平均36.9 bp的基因序列中出现1个SNP位点,其中123个为非同义突变、61个为同义突变SNP位点.核苷酸多态性πa和θw分别为0.020和0.016.对8个候选基因片段内SNP位点进行的连锁不平衡分析显示,随着核苷酸序列长度的延伸,SNP位点的连锁不平衡在基因内部迅速衰退(R2≤0.2).[结论]在火炬松中,基于候选基因内SNP位点间的连锁不平衡作图是可行的.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐斌		30	159	9.0	11.0