羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶的分子模拟研究

• 作者: 代田洋 刘嵬 左柯 杜文义 梁立 胡建平
• 来源期刊: 中国药科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 羟基异吲哚酮类衍生物 分子对接 分子动力学模拟 HIV-1整合酶 构象分析
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 551-559
• 页数: 9页
• 分类号: Q5|R9
• 字数: 4876字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11665/j.issn.1000-5048.20160508

摘要

为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化,采用AutoDock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接,并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的分子动力学模拟.基于对接复合物模型分析给出了化合物与整合酶结合的主要作用力,通过分析氢键以及构象的变化,发现氨基酸残基N155与D64之间的氢键是维持整合酶催化活性所必需的DDE基序结构稳定的关键.另外,氨基酸残基Y143所在的loop区与羟基异吲哚酮类衍生物之间的疏水作用力在受体-配体识别的过程中具有重要的作用.