二酮酸化合物与HIV-1整合酶识别的分子模拟研究

• 作者: 代田洋 刘嵬 左柯 杜文义 梁立 胡建平 苟小军
• 来源期刊: 中国抗生素杂志
• 关键词: 二酮酸类 HIV-1整合酶 分子对接 分子动力学模拟 自由能分解
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 微生物药物筛选
• 页码范围: 200-211
• 页数: 12页
• 分类号: R978.1
• 语种: 中文

摘要

目的 研究二酮酸类化合物(diketoacids,DKAs)与HIV-1整合酶(integrase,IN)的分子识别机制和二者复合物的构象变化,为预测同类化合物抑制活性提供理论支持.方法 使用AutoDock程序包将10个二酮酸类化合物与整合酶进行了分子对接,得到一系列对接复合物模型.选取其中两个抑制活性有明显差异的复合物进行了15ns的分子动力学模拟,并从能量和氢键的角度分析了二者与HIV-1整合酶识别的关键残基.结果 二者特异性识别主要依靠与DDE基序形成的氢键,结合在由I141～M154,W61～L63和V77构成的口袋中,与实验数据吻合.基于分子动力学模拟轨迹做了结合自由能分解,其中范德华能项与lgIC50有较高的线性相关,结果表明该方程可用于此类化合物的活性预测.结论 氢键是抑制剂维持活性及复合物稳定的重要作用力.结合自由能中的疏水作用与抑制活性有明确的相关性.对后续HIV-1整合酶抑制剂设计具有一定的指导意义.