南宁市朝阳溪污水中诺如病毒GⅡ.4型变异株基因分析

• 作者: 刘巍 梁亮 谭冬梅 邓丽丽 钟革 韦一知 韦敬航 马宇燕
• 来源期刊: 应用预防医学
• 学科: 医学
• 关键词: 污水 诺如病毒 基因型 GII.4型变异株 序列分析
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1-4
• 页数: 4页
• 分类号: R373.2
• 字数: 2713字
• 语种: 中文

摘要

目的：了解南宁市朝阳溪污水中诺如病毒（Norovirus, NV） GⅡ.4变异株的基因特征。方法2011年1～12月采集72份南宁市朝阳溪污水，经实时荧光逆转录-聚合酶反应（Realtime RT-PCR）方法进行 NV 核糖核酸（RNA）检测，阳性标本进行基因克隆测序和遗传进化分析。结果72份污水中均能检测到 NV RNA，基因Ⅰ组（GenogroupⅠ,GⅠ） NV RNA阳性率为70.83%，基因Ⅱ组（GenogroupⅡ,GⅡ）阳性率则达100.00%，共为16个基因型，有18株为GⅡ.4型，其中2株为2006b变异株，其余16株均为2010变异株。检测到的2006b变异株和2010变异株在衣壳蛋白N/S区第94位氨基酸均发生变异，而在第6位、第15位仅2010变异株发生了变异，2006b变异株（除SW2011041-2株外）均无变异。这些变异株与同年南宁市腹泻病例中 NV GⅡ.4型变异株核苷酸型内同源性分别为96.70%～98.93%和97.42%～99.64%。结论南宁市朝阳溪污水中NV存在很高的遗传多样性，其来源可能是周边居民中的感染者；GⅡ.4型NV中2010变异株为优势株，其在人群中可能存在隐性感染；污水监测是人间NV感染监测的重要补充。